Im Sommer 2018 wechselte Meisl von der Jugendmannschaft von Red Bull Salzburg zu Wien-Favoriten und etablierte sich nach einigen Spielen bei der U18 bei den Young Violets in der 2. Liga. Zur Saison 2021/22 wurde Meisl zum Kapitän der Mannschaft von Harald Suchard befördert und bestritt bisher 78 Spiele in der zweiten Liga.
Im Sommer 2022 beförderte Manfred Schmid den Abwehrspieler zu den Profis, wo er nach mehreren Mannschaftsnominierungen in der Meisterschaft und im Europapokal am 18. September endlich sein Bundesliga-Debüt gegen den SV Ried feierte
Matteo Meisl: „Es war ein ganz besonderer Moment, dass man in seiner Karriere nur einmal lebt. Ich arbeite dort schon lange und denke, dass ich dieses Debüt verdient habe vertraue mir . Wenn ich zurückblicke, war da ein bisschen ein Kribbeln, aber ich konnte es auf dem Platz wirklich genießen. Ich hoffe, es kommen noch ein paar Einsätze und dafür werde ich hart arbeiten.“